15 czerwca 1818 roku wmurowano kamień węgielny pod budowę warszawskiego kościoła św. Aleksandra, który znajduje się na placu Trzech Krzyży. Wezwanie upamiętnia cara Aleksandra I, który wskrzesił Królestwo Polskie i nadał mu konstytucję, po wojnach napoleońskich. Car przyjechał do Warszawy po raz pierwszy 12 listopada 1815. Miasto chciało powitać go tymczasową bramą triumfalną postawioną na placu pod trzema krzyżami, a potem na jej miejscu zbudować pomnik. Jednak car w liście skierowanym do prezesa senatu nakazał zebrane na ten cel fundusze przeznaczyć na budowę kościoła.
Budowa trwała osiem lat w latach 1818-1826. Kościół został wybudowany w stylu klasycystycznym według projektu Piotra Aignera.18 czerwca 1826 świątynię poświęcił arcybiskup warszawski, prymas Królestwa Polskiego Wojciech Józef Skarszewski. Tutejsza parafia była piątą w Warszawie, a pierwszym proboszczem został ksiądz Jakub Falkowski (grzeszny Kuba – jak sam się nazywał).
W nocy z 16 na 17 stycznia 1863, w pobliskim mieszkaniu wikariusza księdza Karola Mikoszewskiego, zebrał się Komitet Centralny Narodowy, który ustalił termin wybuchu powstania styczniowego oraz założenia do manifestu do narodu Komitet Centralny jako Tymczasowy Rząd Narodowy.
W latach 1886-1895 kościół został przebudowany w stylu neorenesansowym przez Józefa Piusa Dziekońskiego.
Kościół został uszkodzony podczas obrony Warszawy we wrześniu 1939 roku.
5 czerwca 1943 Niemcy aresztowali w świątyni członków oddziału „Osa”-„Kosa 30”, którzy brali udział w odbywającej się tam ceremonii ślubu kolegi. Rozbicie „Osy”-„Kosy 30” było jednym z najdotkliwszych ciosów zadanych Polskiemu Państwu Podziemnemu przez niemiecki aparat bezpieczeństwa.
Świątynia została zniszczona w wyniku bombardowania przez Niemców w w czasie powstania warszawskiego (9 lub 11 września 1944 r.) i odbudowana w latach 1949–1952 w stylu klasycystycznym – przywrócono jej wygląd sprzed przebudowy w XIX wieku.