Po doznaniu pierwszych znaczących porażek w wojnie ze Związkiem Radzieckim, III Rzesza od maja 1942 do połowy 1944 założyła grupy ekshumacji i spalania szczątków Sonderaktion 1005, które miały niszczyć ślady masowych mordów na okupowanych terytoriach. Sonderaktion 1005 kierował oficer SS Paul Blobel, który jesienią 1941 r. zorganizował egzekucje w Babim Jarze w Kijowie. Pracującą w Ponarach Sonderkommando 1005A, stworzoną z wileńskich Żydów i sowieckich jeńców wojennych, bezpośrednio kontrolował podoficer SS Martin Weiss.
W tym dole o średnicy 27 m nie dokonywano rozstrzeliwań. Przetrzymywano w nim w okresie od października 1943 r. do połowy lipca 1944 r. 80 wyselekcjonowanych przez Niemców Żydów oraz sowieckich jeńców wojennych, tworzących grupę Sonderkommando 1005A, zajmującą się ekshumacją oraz spalaniem ciał ofiar. Ściany dołu mieszkalnego były wybrukowane kamieniami, dół miał 4–4,5 m głębokości i 15–22 m szerokości. Dół był w połowie zasłonięty deskami, na dole – piasek. Z niezasłoniętego boku dołu stały trzy drabiny, które codziennie wyciągano. Dwie drabiny były przeznaczone dla więźniów, z jednej korzystali wyłącznie strażnicy. W zasłoniętej części dołu znajdowała się prowizoryczna kuchnia i spiżarnia.
Trap znajdujący się obecnie w dole nie jest autentycznym eksponatem, jednak z podobnego trapu korzystano podczas ładowania zwłok na stosy do spalenia, których wysokość sięgała 4-5 metrów, układając kolejno warstwami zwłoki i kłody.
Praca ekshumacji i spalania szczątków była dobrze zorganizowana. Grupę spalaczy tworzyli: więźniowie odkopujący zwłoki, wyciągający je z dołów. Był również więzień sprawdzający i szukający złotych zębów i ukrytych kosztowności. Inni członkowie grupy spalaczy przenosili ciała ofiar na stosy, które budowali i których musieli pilnować inni więźniowie. Popiół pochodzący ze spalonych ciał przesiewał i znalezione złoto musiał przekazywać SS więzień specjalnie wyznaczony na to stanowisko. Następnie popiół, po pokruszeniu resztek kości, mieszano z piaskiem i wsypywano z powrotem do dołu albo obok niego. Strażnicy pilnujący więźniów oraz organizatorzy Sonderaktion ciała ofiar określali mianem figur, zmuszając do tego samego spalaczy. Na przestrzeni pięciu miesięcy od grudnia 1943 r. do kwietnia 1944 w Ponarach ułożono 19 – 21 stosów o wysokości 4–5 metrów, na których spalono około 68 000 zwłok.
Ucieczka z Ponar zorganizowana w nocy z 15 na 16 kwietnia 1944 roku była jednym z najbardziej niezwykłych aktów oporu podczas II wojny światowej. Grupa około 80 żydowskich więźniów, zmuszanych przez Niemców do palenia zwłok ofiar masowych egzekucji, przez niemal trzy miesiące potajemnie kopała tunel za pomocą rąk i prostych narzędzi. Dzięki determinacji i odwadze, przez wykonane podziemne przejście o długości około 30 metrów zdołało zbiec kilkunastu uciekinierów, z których część dołączyła później do oddziałów partyzanckich.



















































